Имеют ли право два филиала одного бюджетного учреждения заключать между собой договоры?

Филиал не является юридическим лицом и не может выступать в качестве самостоятельного субъекта гражданских правоотношений, в том числе быть стороной договора.

Обоснование вывода: В соответствии с п. 1 ст. 420 ГК РФ договором признается соглашение двух или нескольких лиц об установлении, изменении или прекращении гражданских прав и обязанностей. Исходя из абзаца второго п. 1 ст. 2 ГК РФ участниками регулируемых гражданским законодательством отношений являются граждане и юридические лица, а также Российская Федерация, субъекты Российской Федерации и муниципальные образования.